Я обновляю js код, но он не обновляется на сайте и не загружается новый, ранее было подобное с CSS и помогло только полное удаление всех папок, как это исправить?
Если работаете в кейтаро, то и не будет обновляться, надо проект перезаливать. Или Ctrl + F5 на сайте нажмите