dimabessarabov, /setblock [координата х] [координата у] [координата z] air это как минимум,а так есть плагины по типу: WorldEdit
#sel pos1 Твои координаты , #sel pos2 кординаты до которыx надо копать, #sel cleararea или #sel ca (пример #sel pos1 250 80 250 #sel pos2 250 5 250 #sel ca , тогда бот прокопает тунель вниз в 1 блок до 5 высоты.)