Как вариант, для устранения этой ошибки можно воспользоваться Boot Menu, если эта функция поддерживается BIOS. Когда вы вставляете флешку, она может в порядке очередности дисков стоять на первом месте, либо вы сами так сделали, из-за этого Windows хочет записать таблицу MBR не на нужный нам диск, а на флешку, но ничего не выходит, так как она используется вами. Возможно, это и есть причина появления вышеназванной ошибки. Для ее решения можно в BIOS поставить диск, который будет системным, на первое место, если он еще не стоит, потом зайти в Boot Menu (не в BIOS), и просто загрузиться с установочной флешки. Конечно, не факт, что данный метод поможет, но попытка не пытка, от этого вы ничего не потеряете. Boot Menu может выглядеть вот так: